水军不仅仅担负水上作战的任务，它实际上是江南水泽地域的综合性兵种，除水上战斗外，登岸野战、攻城守险等无所不能，战于水上则相当于车、骑，战于陆上则相当于步兵。公元前219年(始皇二十八年)，秦军开始对南方百越民族进行征服战争。南平百越时，秦始皇动员了楼船士五十万，既完成了水上作战任务，也完成了陆上作战任务，对开拓和统一岭南广大地区发挥了重大的作用。

秦始皇第五次出巡天下时，曾一度在水军的护卫下，长途航行于海上，并亲手以连弩射杀巨鱼。这说明秦代的水军已经具有海上作战的能力，并有效地控制着东部沿海的海防。