那一天，太傅张君玉为诸王子讲经，秦王嬉笑乱叫且手舞足蹈，搅得课堂一片混乱，君玉非常生气，用戒尺击伤了秦王的额角，秦王便哭着去找太祖告状。太祖大怒于张君玉无礼，随即令内侍传旨，将张君玉系捕入狱。

其时缝工正在进呈御服，马皇后手拿华美的御衣对太祖说道：“很好的绫锦，被他剪成了这个样儿，我看应当把缝工治罪。”她这句话吓得那个缝工面如土色，连连叩头，以至于叩得头额流血，叩得太祖也心软了，不禁笑道：“他这是奉命制衣，剪是必须的，怎好无辜处罪呢？”

马皇后这才正颜厉色道：“那么张君玉受上命教训皇子，就算是使皇子受责，也只好由他去，怎好把他治罪呢？”太祖恍然大悟，便赦了君玉。

有人在太祖面前说郭景祥的儿子不孝，甚至持槊要打郭景祥，太祖便要将这个不孝之子正法，马皇后奏道：“妾闻郭景祥只有这一个儿子，独子易骄，但也未必都会如同别人说的那样啊，我看还是应该查明属实，再进行定罪妥当，否则杀了不肖一人事小，可就绝了郭氏一门的后了，这样会有伤陛下的仁惠呀。”这是真正的仁人之言，而不可视为妇人之仁。后来太祖经过调查，郭景祥之子果然是被人诬陷的，于是太祖叹息道：“若非皇后之善言相劝，朕险些断了郭家宗祀。”

此外马皇后隐护功臣的事更是不计其数，就是发生在宫禁里面善行，也不能一一说尽的。宫人如有被太祖临幸得孕的，马皇后便会对她倍加体恤，妃嫔等如果因为说话做事不小心或任性或不会讨好，忤了上意的，马皇后必然会为她们设法调停。

马皇后病危之时，群臣请祷祀并求良医，马皇后却对太祖说道：“生死有命，祷祀何益？白白地浪费人力财力。世有良医，也不能起死回生，倘若服药后不见效，大家恨罪起治病的医生，岂不是增加妾的罪过吗？”明淑如此，太祖感动不已。

马皇后临终前，太祖问她有什么遗言要说，马皇后呜咽道：“妾与陛下起布衣，赖陛下神圣，得为国母，志愿已足，尚有何言？不过妾死以后，只愿陛下亲贤纳谏，慎终如始罢了。” “亲贤纳谏”四个字，可以说道尽古今的为君之道。

寿仅五十一岁的马皇后虽然贵极正宫，生活却一直很俭朴，非大事不着新衣，太祖的罗袜都是皇后亲手所制。每逢大兵出征，马皇后总会把戒妄杀的绣额，颁赐与统兵的将士。其他如规劝太祖修道，训导皇子学礼，优视六宫嫔妃，恩遇宫女内侍等种种的美德，不仅让太祖从此不忍册立正宫，只令宁妃权摄六宫；且自她在洪武十五年八月崩逝后，不但太祖常常想起她来就痛哭号啕，就是宫廷内外，也歌思不忘。宫中曾有人作追忆歌道：

我后圣慈，化行家邦，抚我育我，怀德难忘。

怀德难忘，于万斯年，毖彼下泉，悠悠苍天。