……情归北部湾
人类在十万大山地下长城和北部湾海底家园刚刚安置下来，还未来得及喘气，穷凶极恶的仿生人又追杀而至了，更加残酷的艰险困苦等着人们。
仿生人已经对十万大山基地进行了全面详细的侦察分析，并作了准备充足。因此，开起就以能迅猛准确的全面攻击。
太空上严密的卫星监察系统日夜不停地监视，并指导终结战士进行准确的快速攻击，令特战队队员和和平斗士反应一时无法跟上。然后，发挥空地一体化打击系统的立体优势，大量的战机和山地战车以及精确远程打击系统协同进攻，把十万大山的人类抵抗主力全都压进地下，严密封锁。同时，切断了十万大山基地与外界的联系，整个抵抗基地立刻陷入了全局被动。最后，分割包围地下长城的各个出入口根据地，进行清剿。一时间，十万大山和北部湾沿海成了无人区，无辜的平民百姓统统惨遭毒手。多次在世界各地上演的悲剧难道又在这里重现？……
在战争中成长的人类战士，并没有被这种凶狠的气势吓倒，沉着应战。首先把非战士人员和各种研发制造机构有序地通过地下高速隧道转移到海底家园，轻装上阵。然后，依托十万大山的各种有利地形，隐蔽在地下长城中，待敌人暴露出空虚之处时，抓住时机，集中力量迅速出击，能歼灭就歼灭，歼灭不了的就骚扰敌人；待敌人反应过来发动反击时，主动退回地下，把敌人引进地下长城利用主动地形，分解敌人，各个击破；当敌人太过强大时，不与他们硬拼，主动通过地下长城四通八达的远程人体传真系统转移到另一安全之处，让敌人只能占领空无一人的单处地下保垒。终结战士根本发现不了人体基因传真网络系统，就是发现了也不能通过，因为他们不具备人类的全部基因密码而无法通过，只能是望壁兴叹无可奈何。最后，把敌人牢牢地拖在大山中。
这时，抵抗基地的主力早已趁机跳出重围，在中国广大城镇积极寻歼独立弱小之敌。同时，频频袭击敌人的陆地、海上和网络交通、通信网。
随战役时间拖长，仿生人在世界各地的防御空虚弱点逐渐暴露出来。以玛丽亚公主和武文清将军为代表的世界各地抵抗力量从欧洲到美洲，从非洲到亚洲发动了一阵又一阵城市游击战、网络游击战，搞得敌人到处不得安宁，到处求救增兵。最后，茜茜总统见战场的前方后方两头告急，不得命令安娜司令官不暂时退兵，稳定后方。人类取得地下长城第一次保卫战的全面胜利。
然而，在战斗中发生一件意外的事件使局再度恶化，给日后留下巨大隐患。在地下长城保卫战中，张晓斌和麦迪总统北美抵抗运动突然遭到仿生人精确的打击，全军覆没。难道是张晓斌出卖了他们？安全起见，张晓斌和麦迪都被隔离审查。
联合国总部的人们进行事件总结分析时，发现原因出在迈迪总统的无线传感器的指挥系统中，仿生人轻易地突破了他的网络防御，盗取大量的机密文件，北美整个地下抵抗力量完全暴露，从而遭受灭顶之灾。事后从各方面分析调查都找不出原因，这种网络指挥失密严重威胁世界其他地区抵抗力量的安全，为了防止再度发生意外灾难，总部不得不关闭整个无线传感网络指挥系统，使世界抵抗力量失去了联系而陷于瘫痪，仿生人得到了喘息，调整兵力，准备再度全面攻击。
这一切都是因迈迪总统对张晓斌和小妮子怀恨在心，但对他们又无奈何，就迁怒于以小妮子亲属和北美大极门张晓斌的师兄妹为主的北美抵抗力量，故意将系统密码芯片丢弃给攻进地下长城的终结战士，嫁祸于张晓斌，借他人之手实施对张晓斌和小妮子的报复，不料事情闹太大了，现在难以收拾局面。
聪明的茜茜立即明白整个事件真相，将计就计，故意通过无线传感网向迈迪道谢。李杰博士和总部迅速破译这道信息，并将此事提交给联合国总部来处理此案。
小妮子闻讯后，私自带着几个悲愤的师兄师妹把迈迪总统抓起来，然后再去请求严惩杀人凶手。
此时，茜茜总统早已抓住这一有利事态，顺势改变了作战策略，和安娜司令官带着二千多名最高级的终结战士悄悄潜入十万大山，利用迈迪无线传感网的信号，迅速锁定迈迪所在位置，马上展开搜寻，最后找到临时关押迈迪的地下保垒，轻易地把5个看守的大极门弟子干掉，救出了惊恐的迈迪总统，走投无路的迈迪总统在安娜司令官的利诱下，只好投靠了仿生人。
事后，张晓斌无意中埋怨了小妮子，从来未受过这么大委屈的小妮子不辞而别，留下张晓斌孤独一人陪安娜疗养，继续反省……
掌握了地下长城秘密的迈迪带领终结战士重新杀回十万大山，茜茜总统故计重演。首先，利用空地一体的绝对优势兵力，在各种战机和战车、远程精确打击系统的有力支持下，又把人类抵抗主力压制在地下。然后，一个个占领清剿了地下长城的地下保垒。
这时，终结战士有了人类叛徒麦迪的准确指导，一个一个围困住地下堡垒，然后集中力量分步攻占，逐个把所有地下堡垒的人体基因传真系统网络的人体传真机、人体打印机和特别传输线逐一炸毁，再撤出。等整个地下长城的人体传真交通通信网络被摧毁和瘫痪了后，再重新对被困在各个地下保垒的抵抗战士逐一展开围攻，无路可走，无法互相支援的孤立抵抗战士，在强大的敌人攻击下一个个英勇阵亡。
人类在第二次地下长城的战斗中处境与第一次相比，已经发生了根本性变化，十分危机！联合国在中国政府和安得罗波夫博士博士等人类科学家的要求下，立即恢复张晓斌的指挥权。临危受命的张晓斌当机立断带领幸存抵抗战士且战且退，撤到海底人类家园保存实力，视机反攻。
趁势占领了地下长城后，终结战士又在迈迪带领下，沿着地下长城与海底人类家园的地下快速通道向人类抵抗力量最后栖息地海底人类家园发动进攻。这时，张晓斌他们正在安装炸药，还没来得及炸毁地下快速通道，彻底阻止敌人对海底人类家园的进犯。只能被迫全力投入阻击战，面对蜂拥而至的大量终结战士，张晓斌带领的幸存抵抗战士势单力薄。张晓斌在安娜司令官和四大天文的围攻下已经受伤，要不是安娜司令官想要活口，可能已经命丧黄泉了。沙娃也陷入八大金刚的围攻中，他们渐渐支持不住了。形势万分危机！
这时，吴清源大师和玛丽亚公主等大批人马在小妮子的带领下及时赶到，从终结战士后面突然发起攻击，打得终结战士的阵脚大乱。
在这深达几百米的地下狭长隧道中，终结战士的海陆空立体优势不复存在，什么太空支持，什么精确远程打击统统成了摆设，只能近身硬拼搏杀，这可是和平斗士和特战队队员的长项，加上一代武林宗师吴清源的超凡身手。整个战局立即扭转过来，人类力量前后夹击，终结战士被挤作一团无从发力，被闷住来打，这真是大快人心！
安娜司令官见势不妙，立即一边向外面的茜茜总统求救，一边掉头全力向后反扑，欲杀出重围。
张晓斌和沙娃他们得救了！但茜茜总统带着大批终结战士也赶到了，反而把吴清源大师和玛丽亚及小妮子困住了，形势又急转直下。只见小妮子机敏从人丛中杀到张晓斌身边：
“沙娃，你带晓斌哥哥马上撤出隧道，我和大师断后！”说着把受伤的张晓斌交给沙娃，带着和平斗士反身杀人敌阵，掩护沙娃他们安全撤出。待沙娃他们撤出后，小妮子马上拉上海底家园连通隧道的闸门，暂时闸断终结战士进攻的唯一通道，保护住海底家园和张晓斌他们。但小妮子他们自己也被一起困住了。此时，吴清源大师果断命令
“玛丽亚公主！让他们到真主那里忏悔吧！”
“好的！”玛丽亚公主立即引爆预埋的炸药，转瞬间隧道隐没在一片激烈爆炸中，随后，传来一阵阵轰隆隆的闷响。终结战士从陆地进攻人类海底家园的唯一通道彻底被炸断了。人类海底家园保住了！人们爆发出激动的欢呼声。但张晓斌却无法高兴起来，因为，他两个至爱的情人玛丽亚公主和小妮子已经慈祥如父的吴清源大师也一起隐没在这个地下隧道中，生死未卜……
茜茜总统带着安娜司令官和终结战士迅速退出地下隧道，见从陆地无法攻进海底人类家园，就马上调整布置，从海上展开全面攻击，不给人类抵抗力量片刻喘息之机。
但智者千虑，必有一失。茜茜总统这一招正是以已之短攻彼之长，仿生人潜舰队在海底完全暴露人类海底家园强大完善的监测和防御系统前。
当仿生人潜艇刚离开港口，就被海底家园的监测系统侦查到。这时，一直在敌人基地附近游荡的仿生鱼群带着各种鱼雷和水雷悄悄接近；然后，团团围住敌人潜艇舰队；最后，突然发动攻击。敌人还未明白是何事时，已经纷纷藏身海底了。饶幸逃脱的潜艇，在改为液体呼吸的特战队面前，也成为一个个活靶；被埋伏在海底的特战队用最简单的超空化鱼雷和精确制导水雷全部干掉。
不甘心失败的终结战士，直接潜入海底与液体呼吸的特战队交战，特战队员利用对方不适应海底的特点，且战且退，将敌人引入深海。骄横不可一世的终结战士中计猛追，不知不觉中，落入鱼群中仿生超空化鱼雷和仿生精确制导水雷阵的陷阱。张晓斌耐心等待入侵的终结战士全部进入埋伏圈后，突然发动水雷阵，迅猛的狠狠打击终结战士。被突然袭击打得头昏脑胀，不知东西南北的终结战士只能四处逃散。这时，液体呼吸的特战队队员杀个回马枪，向四处逃命的幸存终结战士准确发射出一枚枚高速超空化鱼雷，大败终结战士。
安娜司令官带着小部分残余终结战士侥幸逃出海面，在水面舰只和空中战机的掩护下，捡回一命。最后，已经完全控制海底的特战队员，又用仿生超空化鱼雷和仿生精确制导水雷阵轰炸海底家园的敌人水面战舰，逐个击沉。
在清除水面敌人的舰只后，特战队队员依托深海掩护，用导弹和高能量激光束巧妙地攻击空中的敌机。在茫茫大海中，没有航母舰队依靠的敌机只能被动挨打，茜茜总统迫不得已只好收兵。人类获得保卫人类家园的胜利，从此，控制了海底，保住人类最后的希望。
仿生人虽然如其所愿占领、摧毁了人类的地下长城，把人类抵抗运动的中枢――联合国及其军队赶到海底，封闭切断了陆地上联合国总部与世界各地各种抵抗运动的信息网络联系，在相当长的一段时间内彻底统治地球表面。
但是，人类充分利用北部湾海底人类家园的优势，连通北部湾广阔的沿海各国和地区地下抵抗力量，建成了人类抵抗运动的坚强后盾，源源不断地为世界各地抵抗力量提供武器装备、军需物质和资金以及特战队队员，继续展开广泛的游击战，狠狠的打击仿生人的统治。
茜茜总统从叛逃的迈迪口中得知：人类正在建造一个“诺亚方舟”飞船，准备飞到宇宙，向外星人求援。这时，茜茜总统立刻派出大量的终结战士在云贵高原和喜马拉雅山展开地毯式的大搜索，找出和摧毁“诺亚方舟”飞船，企图扼杀人类仅有的一点希望。
